La sede centrale trova spazio presso le ampie sale di Palazzo Oliva dove è possibile ammirare le raccolte d’arte sacra provenienti dalla cattedrale e dalle altre chiese di Acquapendente e numerosi reperti ceramici, dal medioevo ai nostri giorni. Il Palazzo Vescovile è divenuto un museo che ha finalità didattiche e sperimentali e mira a valorizzare tutto ciò che rappresenta l’identità del territorio. Al suo interno trovano spazio collezioni sia civiche sia vescovili. Presso le ampie sale del piano nobile troviamo opere di particolare pregio come lo Stemma araldico di papa Gregorio XIII (1572-1585), realizzato in travertino; il Busto di Innocenzo X Pamphilij di Alessandro Algardi (1598-1654) pregevole esempio di scultura barocca; il dipinto su tavola di Girolamo di Benvenuto (1470-1524) una lunetta raffigurante la Pietà che, insieme al dipinto raffigurante la Madonna con il Bambino – oggi esposto al Fogg Art Museum di Cambridge (USA) – costituiva anticamente la pala d’altare della chiesa di Sant’Agostino. La sede centrale ospita una nuova sezione dedicata alla Via Francigena con una specifica attenzione alla storica vocazione della città e del territorio come centro di frontiera culturale. La nuova sezione museale è una delle prime a livello europeo ad essere dedicata al tema della Francigena e si sviluppa lungo un percorso espositivo accompagnato da un ampio plastico che, su un tracciato di oltre ventisei metri, raffigura la via Francigena da Canterbury a Roma.
All’estremo nord dell’abitato si trova invece la seconda sede, la Pinacoteca, situata nel suggestivo chiostro della chiesa di San Francesco, ospita una delle raccolte più interessanti e cospicue del territorio viterbese. La collezione vanta infatti la presenza di dipinti su tavola pregevoli come il San Bernardino da Siena di Sano di Pietro (1406 – 1481) e la Vergine in adorazione del Bambino eseguita dal Maestro di Marradi. Tra le altre opere possiamo ricordare due pregiate repliche di opere di Raffaello, opera di Terenzio Terenzi, La Madonna del Divino Amore il cui originale è conservato alla Galleria Nazionale di Capodimonte, e la Sacra Famiglia con San Giovannino, il cui autentico è al Kunsthistorisches Museum di Vienna. Molte opere esposte sono riferibili invece a Francesco Nasini, prolifico pittore di Piancastagnaio e al suo entourage, autore del magnifico affresco del coro della pertinente chiesa di San Francesco.
Tra le tele di maggiore pregio si annoverano la Visione di Sant’Antonio da Padova e la Sacra conversazione.
All’ingresso sud della città c’è la Torre Julia de Jacopo che ospita una delle più importanti raccolte di maiolica arcaica che comprende: boccali, vascelli, catini che si distinguono per una varietà di motivi decorativi che vanno dai più semplici motivi geometrici e vegetali agli stemmi delle casate nobiliari, alle iscrizioni e simbologie religiose. I reperti sono stati rinvenuti negli scavi all’ex convento di Sant’Agostino (tale deposito probabilmente si formò in seguito alle misure precauzionali adottate per arginare gli effetti della peste nera intorno alla metà del XIV secolo).
Il nome della torre si deve a Julia de Jacopo, l’eroica popolana che il 18 Gennaio del 1550 riuscì a salvare Acquapendente dall’assalto delle soldatesche pitiglianesi di Niccolò IV Orsini, chiudendo tempestivamente la porta del S. Sepolcro.
Attualmente, al piano la Torre è collocato il centro informativo del Comune; mentre i locali del piano superiore costituiscono la sede distaccata del Museo della Città e ospitano la raccolta delle maioliche medioevali aquesiane.
All’interno del museo sono esposti importanti reperti di maiolica arcaica, dipinti in ramina e manganese, decorati con motivi vegetali, geometrici, stemmi araldici, figure umane. E’ presente un vasto repertorio di forme e decori: boccali, catini, vascelli, bicchieri, tazze che dovranno trovare la giusta collocazione nel complesso panorama della produzione umbro tosco laziale.